El método de Muskingum-Cunge es más complejo que los métodos antes mencionados. Al igual que el método de Muskingum original, toma como punto de partida la ecuación de continuidad y también incluye la forma de difusión de la ecuación de momento.
Esto significa que K y X se basan más en la física, de modo que:

Los cálculos de Muskingum-Cunge tardan mucho tiempo en ejecutarse y se suelen solucionar utilizando un método de diferencias finitas en un equipo informático. Por lo tanto, cuando se aplica correctamente este método no es lineal, ya que vuelve a calcular las propiedades de flujo y los coeficientes de tránsito en cada paso de tiempo y de distancia. Esto conduce a un método basado en la física que se compara bastante bien con las ecuaciones completas de flujo variable utilizadas en los métodos hidráulicos para calcular el tránsito de avenidas.
Las principales limitaciones del método de Muskingum-Cunge es que todavía no tiene plenamente en cuenta los procesos tales como la influencia de las mareas y las situaciones de rápido cambio del flujo, como la rotura de una presa o una inundación repentina. Los métodos totalmente dinámicos que se tratan en la próxima sección, sobre métodos hidráulicos para calcular el tránsito de avenidas, enfocan mejor dichos fenómenos.